Esta adaptação do desenho animado homônimo se passa 400 anos no futuro, quando uma doença dizimou boa parte da população do planeta. A cidade de Bregna é povoada por sobreviventes e comandada por um grupo de cientistas. A misteriosa justiceira Aeon Flux faz parte um grupo de rebeldes liderados por The Handler . Quando Aeon é enviada em uma missão entre o grupo de cientistas, ela descobre os segredos presentes nesse mundo dizimado.