No futuro, Lincoln Six-Echo (Ewan McGregor) é residente de uma entidade utópica. Como todos os habitantes, Lincoln espera ser um dos escolhidos para chegar à Ilha, o último ponto não contaminado no planeta. Mas logo descobre que sua existência é uma mentira. E todos os outros habitantes são clones, cuja única finalidade é fornecer partes de seus corpos para repor seres humanos reais. Antes que sirva de material também, Lincoln tenta escapar com a ajuda da bela Jordan Two-Delta (Scarlett Johansson).